在电影结尾处，浴血奋战的蓝博文倒在街上，在生命的最后，他口中喃喃自语，观众却无法听清他嘴中的台词，有观众认为，在此处，蓝博文对邵志朗说的是“You are Black Jack！”表明了卧底身份的传递，蓝博文留给邵志朗一个警察身份。

《使徒行者1》大结局是：卓凯为斩草除根派人将羡昕绑架到海边，亲自开枪杀害羡昕。家强派出大批警察，将瑞安及其犯罪集团成员拘捕。殊不知瑞安成功逃身，并致电给卓凯，他打算公开全香港所有卧底警察的资料。家强与小嘉被追杀，两人势孤力弱，小嘉打算自杀以让歹徒能放过家强。卓凯收到瑞安的来电，得知小嘉及羡晴被绑架，家强及卓凯以身犯险救人。羡昕为了阻止局长散播资讯，而遇上了保护资料的杀手无法反击身陷险境。

小嘉受到卓凯的威胁，被带到了家强的地下室。得知卓凯射杀了小嘉及家强，并用炸弹杀死了家强关押的人，瑞安非常满意。卓凯绑架羡昕到海边亲手杀了他，却被随后的羡晴看到。

卓凯告知公众他成功参与了犯罪集团，并更成功地逮捕了瑞安和犯罪集团成员。出乎意料的是，瑞安设法逃走并打电话给绰凯，表示他打算透露有关香港所有卧底警察的信息。

家强和小嘉被追杀，他们孤单而软弱，小嘉打算自杀，这样歹徒们就可以放走家强了。卓凯接到瑞安的电话，得知小嘉及羡晴被绑架，为了救人，家强和卓凯决定决定以身犯险。